De voornaamste blikvanger in de Grote Kerk is het indrukwekkende Müller-orgel uit 1738, het meest afgebeelde instrument ter wereld. Het beslaat de gehele westmuur van de kerk en meet van de grond af bijna 30 meter. In het hoogoprijzende middengedeelte zijn duidelijk de boven elkaar geplaatste ‘werken’ (rugwerk, hoofdwerk en bovenwerk) te onderscheiden, aan weerszijden geflankeerd door twee enorme ‘pedaaltorens’, waarin pijpen van bijna 11 meter lang (32 voet) staan opgesteld. Het orgel is rijk verguld en gedecoreerd met ruim 25 meer dan levensgrote beelden, alle gemaakt door de Amsterdamse beeldhouwer Jan van Logteren. De bekroning van het geheel wordt gevormd door twee leeuwenfiguren met het wapen van Haarlem.